25 avril 2023 : La journée de l’ADN

L’ADN 🧬 contient toute l’information génétique, permettant le développement, le fonctionnement et la reproduction des êtres vivants. De plus, l’ADN fourni des données sur les écosystèmes océaniques dans lesquels vivent les espèces aquatiques qui font l’objet de plusieurs projets de recherches menés par des scientifiques du RAQ, visant à permettre un développement durable des ressources aquatiques du Québec.

En cette journée de l’ADN, le RAQ met la lumière sur les travaux réalisés par plusieurs membres étudiants et chercheurs dans le laboratoire de Louis Bernatchez à l’Université Laval.

Dans le cadre du projet FISHES (Fostering Indigenous Small-scale Fisheries for Health, Economy, and Food Security), Raphaël Bouchard (candidat au doctorat), avec l’aide d’Eric Normandeau, a développé trois multiplexes « Genotyping-in-Thousands » pour le grand corégone (Coregonus clupeaformis), le cisco (Coregonus artedi) et l’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis). Ces outils seront utilisés afin d’assigner des individus prélevés par nos partenaires Cris dans le contexte de pêche en stocks mixtes à leurs populations d’origines. Ces analyses permettront de guider la gestion des pêches de subsistances des communautés cries d’Eeyou Ischtee.

Clare Venney (chercheure post-doctoral) et Hugo Cayuela, ex-postdoc et membre du RAQ, ont étudié les mécanismes moléculaires à l’origine des différences de cycle de vie chez les capelans. Avec l’aide de plusieurs membres du RAQ et des sources de financement diverses, ils ont évalué les différences dans la méthylation d’ADN entre le capelan frayant à la plage et le capelan frayant en milieu démersal. Cette étude montre l’importance de la méthylation dans la diversification phénotypique, et nous permet également de comprendre les sources de variation de cycle de vie une espèce de poisson importante d’un point de vue écologique.

Amanda Xuereb (chercheure post-doctoral) et Eric Normandeau (bio-informatien au sein du RAQ) ont collaboré avec l’Étang Ruisseau Bar Ltée et l’Universidas de Chile sur un projet concernant l’huître américaine (Crassostrea virginica). Ils ont coordonné le développement de la première puce des marqueurs génétiques à haute densité (200,000 marqueurs génétiques) pour cette espèce d’huître au Canada. Cet outil génomique est essentiel pour introduire les approches de sélection génomique afin d’améliorer la performance de l’industrie ostréicole Canadienne en termes d’amélioration de la production.

Durant sa thèse, Yann Dorant (chercheur post-doctoral), en collaboration avec plusieurs partenaires, a investi beaucoup d’efforts pour produire l’un des plus importants jeux de données de séquençage ADN sur les crustacés marins, avec plus de 4,000 homards analysés provenant de 96 sites d’échantillonnage. Ces travaux ont permis de renforcer les connaissances sur la structure génétique des populations de homards dans l’est du Canada. Ainsi, ils fournissent une base scientifique majeure pour permettre une gestion durable de l’espèce dans les eaux Canadiennes.

Au sein du laboratoire Louis Bernatchez, grâce à l’assemblage de génome et l’étude de près de 1300 génomes entiers de flétan du Groenland, Anne-Laure Ferchaud et ses collaborateurs, ont montré qu’excepté le Golfe du Saint Laurent, le flétan du Groenland apparait panmictique à travers l’Atlantique du Nord-Ouest. Les auteurs révèlent que la différentiation génétique du Golf du Saint Laurent avec le reste de l’Atlantique est expliquée en majeure partie par l’environnement (température eau profondes, de surface et oxygène dissous). En plus de supporter la gestion de cette espèce fortement exploitée, ce travail met en évidence l’utilité d’étudier les génomes complets pour caractériser les effets du changement climatique sur un plus grand nombre d’espèces.

Le groupe de Louis Bernatchez, grâce au talent du bio-informaticien Eric Normandeau ainsi qu’à l’appui de nombreux partenaires, a séquencé et assemblé les génomes de 5 espèces de poissons d’intérêt pour le Québec, soit : le flétan du Groenland, l’anguille d’Amérique, l’omble de fontaine, le touladi et le grand corégone. Ces génomes, disponibles dans la base de données Genbank, constituent une ressource génomique majeure pour les projets de recherche portant sur la conservation et la pêche de ces espèces.

Merci à tous pour votre contribution à l’avancement de la recherche sur l’ADN 👏.